El kit de desarrollo de software de Allen aloja el código fuente para leer y procesar datos del atlas cerebral de Allen. El SDK de Allen se centra en el Observatorio del Cerebro de Allen, la base de datos de tipos de células y el atlas de conectividad cerebral del ratón.
El kit de desarrollo de software de Allen aloja el código fuente para leer y procesar datos del atlas cerebral de Allen. El SDK de Allen se centra en el Observatorio del Cerebro de Allen, la base de datos de tipos de células y el atlas de conectividad cerebral del ratón.
Observatorio del Cerebro Allen
Allen Brain Observatory es un recurso de datos para comprender el procesamiento sensorial en la corteza visual del ratón. Este estudio media sistemáticamente las respuestas visuales en múltiples áreas y capas corticales utilizando imágenes de calcio de dos fotones de neuronas marcadas con GCaMP6 dirigidas utilizando líneas de controlador Cre. Las caracterizaciones de respuesta incluyen ajuste de orientación, ajuste de frecuencia espacial y temporal, dinámica temporal y estructura de campo receptivo espacial.
Los rastros de fluorescencia promedio para todas las células segmentadas están disponibles en el formato de archivo Neurodata Without Borders (NWB). Estos archivos contienen descripciones estandarizadas de estímulos visuales para apoyar el análisis de ajuste específico del estímulo. El SDK de Allen proporciona código para:
Base de datos de tipos de celdas Allen
La base de datos de tipos de células de Allen contiene caracterizaciones electrofisiológicas y morfológicas de neuronas individuales en la corteza visual primaria del ratón. El SDK de Allen proporciona código Python para acceder a mediciones de electrofisiología (archivos NWB) para todas las neuronas y reconstrucciones morfológicas (archivos SWC) para un subconjunto de neuronas.
La base de datos también contiene dos clases de modelos adecuados para este conjunto de datos: modelos biofísicos producidos utilizando el simulador NEURON, y modelos generalizados de integración y activación (GLIF) producidos utilizando código Python personalizado proporcionado con este kit de herramientas.
El SDK de Allen proporciona código de ejemplo que demuestra cómo descargar parámetros de modelos neuronales de la API de Allen Brain Atlas y ejecutar sus propias simulaciones utilizando estímulos de la base de datos de tipos de células de Allen o inyecciones de corriente personalizadas:
Atlas de conectividad cerebral del ratón Allen
El Allen Mouse Brain Connectivity Atlas es un mapa de alta resolución de conexiones neuronales en el cerebro del ratón. Construido sobre una matriz de ratones transgénicos modificados genéticamente para apuntar a tipos específicos de células, el Atlas comprende un solo compendio de proyecciones de poblaciones neuronales seleccionadas en todo el cerebro. Los datos primarios del atlas consisten en imágenes de alta resolución de axonproyecciones que se dirigen a diferentes regiones anatómicas o varios tipos de células utilizando muestras dependientes de Cre. Cada conjunto de datos se procesa a través de una canalización de análisis de datos por computadora para obtener información de proyección cuantificada mapeada espacialmente.
El SDK de Allen proporciona código Python para acceder a metadatos experimentales junto con volúmenes de señal de proyección registrados en una estructura de coordenadas común. Este marco tiene anotaciones estructurales, que permiten a los usuarios calcular estadísticas de señal a nivel de estructura.
Requisitos del sistema
Configuración mínima de Windows:
Configuración mínima de Mac:
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