Amber Tools

Amber Tools

O AmberTools consiste em vários pacotes desenvolvidos independentemente. O conjunto também pode ser usado para realizar simulações completas de dinâmica molecular, com água explícita ou modelos generalizados de solvente de nascimento.

Visão Geral 

• NAB/sff: um programa constrói moléculas, executa MD ou aplica restrições de geometria de distância usando modelos de solvente implícitos generalizados de Born, Poisson-Boltzmann ou 3D-RISM
• Antecâmara e MCPB: programas para criar campos de força para moléculas orgânicas em geral e centros metálicos
• Tleap e parmed: ferramentas básicas de preparação para simulações de âmbar
• Sqm: semiempírico e programa de química quântica DFTB
• Pbsa: realiza soluções numéricas para os modelos de Poisson-Boltzmann
• 3D-RISM: resolve modelos de equação integral para solvatação
• Lixadeira: programa de laboratório para simulações de dinâmica molecular
• Mdgx: um programa para expandir os limites do Amber MD, principalmente por meio do ajuste de parâmetros. Também inclui sites virtuais personalizáveis e recursos explícitos de solvente MD.
• Cpptraj e pytraj: ferramentas para análise de estrutura e dinâmica em trajetórias
• MMPBSA.py e amberlite: análises baseadas em energia de trajetórias MD

Recursos

• Habilitado para CUDA pbsa 
• Principais atualizações para o packmol memgen, uma ferramenta para construção de lipídios e bicamadas
• Rism3d: acelerações da análise de código de árvore e suporte para sistemas periódicos
• POUCOS: melhores caminhos para transformações complexas; suporte para pmemd
• Lixadeira: simulações de potencial redox constantes; escalonamento de pressão direcional; Interface QM/MM para Fireball
• Moft: análise volumétrica de densidade de água/íons usando análise Lapaciana
• Atualizações e extensões contínuas para cpptraj:
• Habilidades aprimoradas de script
• Changelog mais detalhado para cpptraj

• Simulações constantes de pH MD
• Cálculo do potencial redox constante, para complementar simulações constantes de pH

Requisitos de Sistema 

Todo o Amber irá compilar e rodar em plataformas Ubuntu Linux (e variantes do Debian como lubuntu, Kubuntu e xubuntu, eo Windows 10 "subsystem for Linux").