¿Qué es Amber Tools?
AmberTools consta de varios paquetes desarrollados de forma independiente. El conjunto también se puede utilizar para realizar simulaciones completas de dinámica molecular, con agua explícita o modelos generalizados de disolvente de nacimiento.
Visión general
- NAB/sff: un programa construye moléculas, realiza MD o aplica restricciones de geometría de distancia utilizando modelos de solventes implícitos generalizados de Born, Poisson-Boltzmann o 3D-RISM
- Antecámara y MCPB: programas para crear campos de fuerza para moléculas orgánicas en general y centros metálicos
- Tleap y parmed: herramientas básicas de preparación para simulaciones de ámbar
- Sqm: programa de química semiempírica y cuántica DFTB
- PBSA: realiza soluciones numéricas para modelos de Poisson-Boltzmann
- 3D-RISM: resuelve modelos de ecuaciones integrales para la solvencia
- Sander: programa de laboratorio para simulaciones de dinámica molecular
- Mdgx: Un programa para expandir los límites de Amber MD, principalmente ajustando parámetros. También incluye sitios virtuales personalizables y características explícitas de solvente MD.
- Cpptraj y pytraj: herramientas para el análisis de estructura y dinámica en trayectorias
- MMPBSA.py y amberlita: análisis basados en la energía de las trayectorias de la DM
Recursos
- CUDA pbsa habilitado
- Principales actualizaciones de packmol memgen, una herramienta para la construcción de lípidos y bicapas
- Rism3d: aceleraciones de análisis de código de árbol y soporte para sistemas periódicos
- POCOS: mejores caminos hacia transformaciones complejas; soporte para pmemd
- Lijadora: simulaciones constantes de potencial redox; escalada de presión direccional; Interfaz QM/MM para Bola de Fuego
- Moft: análisis volumétrico de la densidad agua/ion utilizando el análisis de Lapatian
- Actualizaciones y extensiones continuas para cpptraj:
- Habilidades de scripting mejoradas
- Registro de cambios más detallado para cpptraj
- Simulaciones de pH md constante
- Cálculo constante del potencial redox para complementar las simulaciones de pH constante
Requisitos del sistema
Todos los Amber se compilarán y ejecutarán en plataformas Ubuntu Linux (y variantes de Debian como lubuntu, Kubuntu y xubuntu, y Windows 10 "subsistema para Linux").
