Allen SDK

Allen SDK

O Allen Software Development Kit hospeda o código-fonte para leitura e processamento dos dados do Allen Brain Atlas. O Allen SDK foca no Allen Brain Observatory, no Cell Types Database e no Mouse Brain Connectivity Atlas.

Allen Brain Observatory

O Allen Brain Observatory é um recurso de dados para entender o processamento sensorial no córtex visual do rato. Este estudo mede sistematicamente respostas visuais em múltiplas áreas e camadas corticais usando imagens de cálcio de dois fótons de neurônios marcados com GCaMP6 direcionados usando linhas de driver Cre. As caracterizações de resposta incluem ajuste de orientação, ajuste de frequência espacial e temporal, dinâmica temporal e estrutura de campo receptivo espacial.

Os traços de fluorescência médios para todas as células segmentadas estão disponíveis no formato de arquivo Neurodata Without Borders ( arquivos NWB ). Esses arquivos contêm descrições padronizadas de estímulos visuais para dar suporte à análise de ajuste específica de estímulo. O Allen SDK fornece código para:

• baixar e organizar os dados experimentais de acordo com a área cortical, profundidade de imagem e linha Cre
• remover a contribuição do sinal de neuropil de traços de fluorescência
• acessar (ou computar) traços dF / F baseados nos traços corrigidos pela neuropil
• realizar análise de sintonização específica do estímulo (por exemplo, ajuste da direção da grade de derivação)

Banco de dados Allen Cell Types 

O Banco de Dados Allen Cell Types contém caracterizações eletrofisiológicas e morfológicas de neurônios individuais no córtex visual primário do camundongo. O Allen SDK fornece código Python para acessar medições de eletrofisiologia (arquivos NWB) para todos os neurônios e reconstruções morfológicas (arquivos SWC) para um subconjunto de neurônios.

O banco de dados também contém duas classes de modelos adequados a esse conjunto de dados: modelos biofísicos produzidos usando o simulador NEURON e modelos generalizados de integração e disparo (GLIFs) produzidos usando código Python personalizado fornecido com este kit de ferramentas.

O Allen SDK fornece código de amostra demonstrando como fazer o download de parâmetros de modelo neuronal da Allen Brain Atlas API e executar suas próprias simulações usando estímulos do Banco de Dados Allen Cell Types ou injeções atuais customizadas:

• Modelos biofísicos
• Modelos generalizados de LIF

Atlas de conectividade cerebral Allen Mouse

O Atlas de Conectividade Cerebral Allen Mouse é um mapa de alta resolução de conexões neurais no cérebro do rato. Construído sobre uma matriz de camundongos transgênicos geneticamente modificados para atingir tipos específicos de células, o Atlas compreende um único compêndio de projeções de populações neuronais selecionadas em todo o cérebro. Os dados primários do Atlas consistem em imagens de alta resolução de projeções axonais que visam diferentes regiões anatômicas ou vários tipos de células usando espécimes dependentes de Cre. Cada conjunto de dados é processado por meio de um pipeline de análise de dados de informática para obter informações de projeção quantificada mapeadas espacialmente.

O Allen SDK fornece código Python para acessar metadados experimentais junto com volumes de sinal de projeção registrados em uma estrutura de coordenadas comum. Esse framework possui anotações estruturais, que permitem aos usuários calcular estatísticas de sinal no nível da estrutura.

Requisitos de sistema

Configuração Mínima do Windows:

• Sistema Operacional: Microsoft Windows 7
• CPU: Intel Core Duo ou AMD 1.8GHz
• Memória do sistema: 1GB
• Placa de Vídeo: Hardware 3D OpenGL acelerado AGP ou PCI Express com 64MB de RAM
• Tela: 1024 x 768, core de 32 bits
• Disco Rígido: 200MB de espaço livre

Configuração mínima do Mac:

• Sistema Operacional: OS X 10.6.8
• CPU: 1,8 GHz da Intel
• Memória do sistema: 1GB
• Placa gráfica: compatível com 3D com 64 MB de RAM
• Tela: 1024x768, cores de 32 bits
• Disco Rígido: 200MB de espaço livre